Absennya mutasi 69-70del, yang selama ini dikenal sebagai fenomena S Gene Target Failure (SGTF), menjadi satu di antara perkembangan terbaru yang dilaporkan terjadi pada Covid-19 varian Omicron. Perkembangan ini langsung mempengaruhi teknik screening yang diperlukan untuk mendeteksi penyebaran si virus.
Guru Besar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, juga mantan Direktur Penyakit Menular WHO Asia Tenggara, Tjandra Yoga Aditama, mengungkap itu dalam Seminar Nasional Ikatan Alumni FKUI pada Sabtu, 11 Desember 2021. Dalam keterangan tertulis yang dibagikannya, Tjandra menuturkan bahwa Australia telah melaporkan penemuan semacam sub-varian baru dari varian Omicron. Sub-varian itu dilaporkan tidak memiliki ciri unik SGTF.
Pada varian Omicron yang ‘biasa’, fenomena SGTF menyebabkan teknik PCR tidak mampu mendeteksi gen S (negatif) pada protein paku SARS-CoV-2. Ini kemudian jadi semacam tanda awal atau screening pertama untuk kemungkinan adanya infeksi Omicron. Kepastian kemudian didapat melalui genome sequencing.
“Dengan tidak adanya SGTF maka hasil PCR akan sama saja dengan varian lainnya, sehingga deteksi tidak adanya Gen S tidak dapat digunakan lagi,” kata Tjandra.
Sub-varian baru itu yang disebut dalam hasil penelitian di University of London College, Inggris, sebagai dua turunan varian Omicron: BA.1 dan BA.2. Disebutkan, sejauh ini ada tujuh kasus BA.2 yang tidak membawa mutasi 69-70del itu yang dilaporkan secara global. Selain di Australia, kasusnya ditemukan di Afrika Selatan dan Kanada.
“Keduanya, BA.1 dan BA.2, sangat berbeda, yang tentu perlu dikaji lebih lanjut,” kata Tjandra yang juga mantan Dirjen Pengendalian Penyakit serta Mantan Kepala Balitbangkes di Kementerian Kesehatan ini.
Sehari sebelumnya, Wakil Menteri Kesehatan Dante Saksono Harbuwono mengungkapkan kalau pemerintah telah menyediakan seperangkat komponen atau kit pendeteksi varian Omicron (B.1.1.529) yang berbasis RNA. Komponen akan diutamakan untuk deteksi dini importasi Covid-19 varian Omicron di pintu-pintu masuk negara, seperti Bandara Soekarno Hatta dan perbatasan darat Etikong di Kalimantan Barat.
“Sudah dikembangkan dan sudah punya 30 kit. Satu kit per 124, artinya kita punya 3.000 lebih kit yang akan mengidentifikasi Omicron dengan cara bukan Whole Genome Sequencing (WGS), tapi dengan RNA,” kata Dante di Boyolali, Jawa Tengah, seperti dikutip dari ANTARA, Jumat.
Sedang berdasarkan genome sequencing yang sudah dilakukan dan dilaporkan sejauh ini, Dante mengatakan, belum teridentifikasi keberadaan varian Omicron di Indonesia. Walaupun belum terdeteksi, kata Dante, pemerintah tetap melakukan identifikasi, terutama di daerah pintu masuk baik darat, laut, dan udara.
“Dengan cara semua kasus yang PCR-nya positif dilakukan genome sequencing. Memetakan gennya sehingga kita bisa tahu bahwa itu varian Omicron atau bukan,” katanya sambal menambahkan Kemenkes telah menambah laboratorium pemeriksaan WGS dari awalnya 12 menjadi 14 unit laboratorium.
